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1998年4月23日至29日深圳湾发生了较大规模的环节环沟藻赤潮，面积逾200km2，细胞密度高达3.8×106个/L。赤潮发生于大量降雨之后，高峰期水体盐度在20以下。在深圳河河口海域，虽然富营养化程度也较高，但由于悬浮物含量过高，浮游植物及环节环沟藻数量较少。赤潮期间，深圳湾没有发生死鱼现象，养殖牡蛎的大量死亡估计与赤潮无关。