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1998年4月23日至29日深圳湾发生了较大规模的环节环沟藻赤潮,面积逾200km2,细胞密度高达3.8×106个/L。赤潮发生于大量降雨之后,高峰期水体盐度在20以下。在深圳河河口海域,虽然富营养化程度也较高,但由于悬浮物含量过高,浮游植物及环节环沟藻数量较少。赤潮期间,深圳湾没有发生死鱼现象,养殖牡蛎的大量死亡估计与赤潮无关。