《中共中央国务院关于深化医药卫生体制改革的意见》（以下简称《意见》）提出，深化医药卫生体制改革近期目标是到2011年，明显提高基本医疗卫生服务可及性，有效减轻居民就医费用负担，切实缓解“看病难、看病贵”问题。长远目标是到2020年基本建立覆盖城乡的基本医疗卫生制度。
　　
　　一个相当长的过程
　　
　　国务院深化医药卫生体制改革领导小组办公室主任、卫生部党组书记、副部长张茅表示，新医改方案制定了到2020年的目标，而目前制定的是最近三年的方案，等这个三年方案完成后才能决定下一个改革阶段是三年还是五年。纵观世界各国的经验，医疗卫生体制改革都是经历了一个相当长的过程，绝不可能一蹴而就。
　　


　　医改在中国不能一蹴而就，一个很重要的原因是我国人口众多、地域辽阔，不同地区，尤其是东西部和南北方的经济发展水平差距很大，短期内制定一个放之全国皆准的医改方案不现实。而且，很多地方早已经开始了医改的探索，有自己的医改纲要，比如上海2007年新出台的居民医保制度将城镇高龄老人、城镇重残人员、中小学生和婴幼儿等一并纳入居民医保制度,并享受相应的医保待遇；天津于2007年初将未纳入城镇职工基本医疗保险制度范围内的学生、儿童和其他非从业城镇居民纳入保障范围,建立以个人和家庭缴费为主的城镇居民医保制度；长春也于2007年9月正式调整原有的医保制度；等等“国家医改方案和地方医改纲要的关系就像盖房子。”广东省卫生厅副厅长廖新波说，中央政府制定一个有一定防御能力的框架标准，各地根据实际情况予以“装修”，为所有的社会成员提供适宜的“居住”标准。当然，不愿意住“集体公寓”的可以自己去住“别墅”。而政府这个“框架”必须是可以抵挡风雨的，而不是经不起风雨的“窝棚”或“帐篷”。
　　此外，医改的很多方面也需要循序渐进。有专家认为，比如我们要推进医药分开就必须有一个过程，直接推进医药分开，一步到位不容易。不如先创造一些条件让医护人员获得合理的收入，这些收入相当一部分要来自于医保，在这样的情况下再推进医药分开，就容易多了。通俗地讲，就是医生不再过多依赖药品收益，医药分开就会变得容易。
　　
　　面临的挑战
　　
　　医改并非一蹴而就，近期和远期目标的实现还面临一些挑战。
　　医保压力加大。《医药卫生体制改革近期重点实施方案（2009～2011年）》（以下简称《实施方案》）提出,三年内实现基本医疗保障全面覆盖城乡居民,参保（合）率均达到90％以上。
　　一位专家认为，随着基本医疗保障覆盖面的迅速扩大和基本医疗保障水平的提高，当群众被压抑的医疗需求开始释放，供方获利空间进一步拓展时，基本医疗保障制度管理者在费用控制方面的责任和压力也将越来越大。对此，业内人士建议，由于政府对于基本医疗保障制度的投入加大，基本医疗保障的统筹层次提高，基本医疗保障制度作为医疗卫生服务的购买者，其谈判实力和调节供方行为的杠杆作用也明显增强，完全应该并且可以通过改革供方付费与结算方式，如按病种付费，在保障服务安全和质量的前提下，促使供方服务效率的提高。
　　“基本药物”的“悖论”。同时，旨在降低药价的“基本药物”也可能带来另一个“悖论”。上述专家分析，如果“基本药物”定位于常见病、多发病，会不会与基本医疗保障制度所强调的“保大病”的基本原则发生冲突？因为价廉的药，很多人也许都能支付得起，而恰恰是一些效果好、临床必需、价格昂贵的药，病人负担不起，需要医保的帮助。 比如，目前脑血管病已成为我国居民第一位的死因，而超早期溶栓治疗（中风后3小时之内实施）能够显著降低患者的死亡率和残疾率。但是，由于溶栓特效药极其昂贵（使用一次约7000元），基本医疗保险不报销，很多患者支付不起，导致延误治疗，随后给患者及家庭、社会等造成巨大负担，恐怕远远大于7000元。此外，过于机械地执行基本药物制度的有关政策，也可能使“看病难”的问题更为严重。
　　基层医疗机构水平提高。按照医改方案，包括3.4万所乡镇卫生院和3700所城市社区卫生服务中心在内的基层医疗机构将承担起“明显提高基本医疗卫生服务可及性”的任务。但实际上，现在老百姓动不动就往大医院跑，就是担心基层医疗卫生机构缺乏鉴别诊断与及时处置的能力，甚至在转诊的过程中延误了最佳干预时机。医学的复杂性、科技的更新换代速度都常常超出了基层医疗卫生机构的应对能力。有专家表示，不断提高基层卫生水平和服务利用率的最有效方式是建立起医疗资源的纵向整合、区域医疗中心与基层卫生机构紧密协作的机制。孤立地搞基层卫生机构的硬件和软件建设，效果是有限的。而就乡镇医院来说，加大投入是对的，但如果不分青红皂白都去硬扶持，效果不一定好。尤其是对于那些过去在竞争中被淘汰的乡镇医院。其实，小病在村里看就可以了，大一点的病乡镇医院基本上也是看不了的，只能到县城大医院。尤其是离县城近的地方，没有必要非下大力气去扶持乡镇医院。
　　公立医院改革。公立医院改革一直被视为医改的最大难题，必须处理好“维护公益性”和“调动积极性”之间的关系。没有医护人员的积极参与，医改的成功不可想象。
　　新医改方案十分强调“公共医疗卫生服务的公益性”。从公立医院的角度来看，保持“公益性”意味着不以盈利为主要目的，不赚钱的项目照样开展，付不起医药费的穷人照样服务。关键问题在于谁来为“公益性”埋单？在政府向公立医院投入有限的情况下，指望公立医院能够自觉自愿地维护其公益性不现实，也是不可持续的。在实现全民医保覆盖之前，困扰医院“公益性”的主要瓶颈问题是如何有效解决“医疗欠费”问题。另外，随着“多点执业”的合法化，会不会影响公立医院医生的“主业”，出现人才外流、外泄的情况？
　　此外，调动医护人员积极性的另一个关键在于“防未病”。推进基本公共卫生服务体系建设首先应转变“观念”，不仅医务人员要认识“疾病预防、健康教育”的重要性，老百姓也要转变健康观念，转变生活方式。国家应通过健康教育引导和制度保障，提高全民疾病预防为主的意识；医务人员要担负健康宣传和教育的职责，而不是去说服病人接受某种疗法。