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新政府会计制度实施以来,高校由于职责和核算范围与一般事业单位不同,会计科目设置更加突出成本性。同时,按照预算绩效管理的要求,要对高校的众多二级部门的经费进行核算,这就需要科学合理的设置辅助核算项目。本文以地方政府主办的某高校为例,分析其执行新政府会计制度的现状及问题,提出合理的科目、辅助项目设置办法,以进一步促进该校财务管理水平。