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1选择制定免疫程序必需结合当地流行病学调查，要以致病原的血清型或菌群类型来选用相宜的疫菌苗，选择适合本地区的血清型或菌群，才能起到真正的免疫保护作用。比如，高致病性禽流感有H5、H7等血清型，但目前的H5N2疫苗对水禽的免疫效果较差，基因重组苗H5N1则效果比较好。口蹄疫有多个血清型和亚型，且新的亚型在不断出现，各型间互不交叉保护，目前我国规定强制免疫O型口蹄疫，部分地区则需同时免疫亚洲Ⅰ型。猪链球菌有C、D、E、L、R群，如果本地没有发生或受R群威胁，则可不必接种此疫苗，防止毒株扩散。