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研究区域的基底断裂构造十分发育．ＥＷ、ＮＥＥ和ＮＥ向基底大断裂宏观上构成和控制区域地质构造的基本格架；ＮＳ、ＮＮＷ和ＮＷ向断裂多为张扭性平移断层，它们对基本格架起强烈的分割破坏和错断作用，形成和控制次一级区域差异性的构造运动和岩浆活动特征．东海陆架边缘隆起带磁性基底埋深一般为３～４ｋｍ．基底由前中新世变质岩系及不同时期形成的火成岩类组成．地壳厚度为２４—２８ｋｍ，为大陆地壳．南冲绳海槽盆地磁性基底埋深一般为５～７ｋｍ，可划分出４个次一级盆地．基底极可能由前中新世以来海槽张裂运动所形成的玄武岩层或部分变质岩系组成，靠近陆坡坡脚处可能包括前第三纪的老地层．地壳厚度为１５～２０ｋｍ，地壳为亚大洋型．