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基因芯片技术具有高通量、并行性等优势，与传统连锁分析方法相比，将DNA水平上发现疾病基因结构缺陷发展到RNA水平上检测其基因表达差异。该技术已成功用于精神分裂症发病机制的多个层面上的相关研究，包括前额叶皮层少突神经胶质细胞mRNA表达抑制；突触、线粒体功能相关的基因表达改变；检测到微小片段染色体异常；前额叶皮层正常发育受到破坏而导致敏感基因表达异常；精神分裂症患者体内一些免疫相关基因表达的上调等。