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目的：中国是肝炎大国，研究全国传染病医院投入与产出效益分析并找出影响因素并提出对策。方法：收集2005年-2009年统计数据，采用平均增长量、平均发展速度、平均增长速度计算出投入、产出指标值。结果：职工人数（包括医生数）、医疗仪器设备、房屋建筑面积（包括业务用房面积）等投入指标保持年均正增长速度。诊疗人次数、入院人数、病床工作日、病床周转次数等社会效益产出指标保持年均正增长速度，病床使用率提高16．4个百分点，出院者平均住院日每年缩短0．55日。净资产经济效益产出指标年均增长速度达32．47％，病毒性肝炎