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小流域综合治理的目标是发挥最大的生态、社会和经济效益。由于缺乏权威和标准化的综合评价方法与指标体系，使得小流域生态工程评价结果往往存在很大的不确定性。应用复合生态系统理论，从目前水土保持生态建设的具体活动和实际成效入手，论述了以小流域可持续发展能力为目标的综合评价方法，旨在为小流域综合管理决策提供理论依据和技术支撑。