鲟形目鱼类9个物种线粒体基因组的基因组成高度保守,均编码37个基因,长度为16 438bp(达氏鲟)～16 760bp(欧洲鳇)。主编码链的A+T含量为53.3%(密苏里铲鲟)～54.6%(中华鲟和匙吻鲟)。9个蛋白质编码基因(atp6、atp8、cob、cox1、cox3、nad1、nad3、nad4和nad4L)编码氨基酸数目相同,分别为227、55、380、517、261、324、116、460和98个。15个主编码基因的差异位点分析表明,在鲟形目鱼类分子生态和群体遗传的研究中,nad5、nad4、cox1和cob基因是理想的分子标记,可用于分析其不同物种和群体之间的遗传多样性。在9种鲟形目鱼类中,遗传距离最小的是中华鲟与俄罗斯鲟(0.0070),遗传距离最大的是闪光鲟与白鲟(0.1777)。2个科之间的遗传距离远远大于科内部的遗传距离,因此支持传统的科级分类。基于线粒体基因组的系统发育结果表明,鲟形目鱼类分为2支:鲟科的7个物种和匙吻鲟科的2个物种分属2个类群(BPN=100,BPM=100,BPP=100),这与经典的系统分类观点一致。隶属于鲟属的中华鲟、俄罗斯鲟及闪光鲟与欧洲鳇聚类,支持率非常高(BPN=100,BPM=100,BPP=100),而将同为鲟属的高首鲟和达氏鲟排除在外,从而表明,线粒体基因组的数据支持将欧洲鳇并入鲟属。基于线粒体基因组数据支持鲟科内部的亲缘关系为:{[(中华鲟+俄罗斯鲟)+闪光鲟]+欧洲鳇}+(高首鲟+达氏鲟),密苏里铲鲟与它们关系最远。