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[目的]为mtDNA-RAPD技术检测杂种后代的纯度的可行性提供参考，为引物组合法广泛应用于植物纯度检测、遗传多样性分析提供依据。[方法]应用6对随机单引物和引物组合对99B和海岛棉及其F2代的mtDNA进行RAPD扩增并进行多态性分析。[结果]应用单引物对F2代mtDNA进行RAPD检测多态性分析，从6个单引物RAPD-PCR扩增得到了3个差异株，结果表明该群体的纯度为95％，应用引物组合扩增多态性分析表明，从15对引物RAPD-PCR扩增检测到4个差异株，该群体的纯度为93％。表明引物组合扩增多态性分