【摘 要】
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目的了解甘肃省感染儿童中呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus, RSV)的基因分型和变异变迁情况，掌握RSV的分子流行特征，预测RSV的流行型别与基因型。方法2012—2017年从甘肃兰州、白银、张掖、天水、陇南等5个市哨点医院共收集到4 556份10岁以下急性呼吸道感染住院患儿的标本。使用实时荧光PCR方法检测获得RSV阳性的标本。再使用RT-PCR方法扩增RS
【机 构】
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甘肃省疾病预防控制中心 兰州 730000,甘肃省疾病预防控制中心 兰州 730000,甘肃省疾病预防控制中心 兰州 730000,中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所，北京 102206,甘肃省疾病
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目的了解甘肃省感染儿童中呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus, RSV)的基因分型和变异变迁情况，掌握RSV的分子流行特征，预测RSV的流行型别与基因型。
方法2012—2017年从甘肃兰州、白银、张掖、天水、陇南等5个市哨点医院共收集到4 556份10岁以下急性呼吸道感染住院患儿的标本。使用实时荧光PCR方法检测获得RSV阳性的标本。再使用RT-PCR方法扩增RSV阳性标本的G蛋白编码基因全长进行测序，用DNAStar和MEGA 6.0等生物信息学软件进行序列拼接、比对、基因亲缘性和氨基酸变异特点等分析。
结果荧光PCR法共检测出1 135份RSV阳性标本，总体阳性率为24.91%，其中共获得216条G蛋白序列；根据G蛋白第二高变区的靶基因特征分析，甘肃省2012-2017年间RSV A亚型流行基因型包括NA1、NA3和ON1，G蛋白编码全长序列核苷酸同源性为84.9%～100%，氨基酸同源性为77.3%～100%，与原型株long株的核苷酸和氨基酸同源性分别为81.2%～83.3%和74.1%～88.0%。RSV B亚型流行基因型为BA9，G蛋白编码全长序列核苷酸同源性为97.7%～100%，氨基酸同源性为95.8%～100%，与原型株CH18 537株的核苷酸和氨基酸同源性分别为84.9%～85.7%和77.9%～80.1%。
结论本研究系统分析了2012—2017年甘肃省5市RSV A、B亚型G蛋白编码基因特征及氨基酸变异情况，为RSV病原研究以及感染控制提供依据。
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