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[目的]通过对四川省贫困农村地区乡镇卫生院运行效率的分析，为该地区卫生资源配置提供科学依据。[方法]按不同经济水平抽取四川省东西部贫困地区的36所乡镇卫生院。对其所在乡镇的经济状况和卫生院基本情况进行调查。[结果]被调查地区乡镇卫生院财政投入不足、现有卫生资源缺乏且分布不均、住院服务利用效率低下。[结论]在政府提供优惠政策和加大财政投入的同时，卫生院自身要因地制宜，积极探索管理体制上的改革，提高卫生服务的效率。