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命门学说不仅从人体系统的有序、稳定来认识机体和疾病，而且把人体五脏系统的有序、稳定理解为生命体“自组织”的状态和结果，这种自组织的基本机制表现在形神合一、天人合一状态下的心肾相交、水火相济以及修道养生状态下的疏通经络、精气返还（还丹）。这个作用过程是非线性的，作用的结果是建立、维持、提高机体有序稳定的阴平阳秘生命状态，实现养生、康复和延年益寿。