不少代表和媒体都谈及农民合作社的可持续发展问题。这说明，农民合作社在农业农村发展中的地位与作用也已获得社会各界的普遍认同，同时，农民合作社建设与发展中依然存在着诸多可持续发展问题，令人关注和期待，亟待提升和创新。
　　对于合作社这样一种有着独特的制度属性、组织功能和社会认知的社会经济组织形态，可持续发展可谓是恒久弥新的基本命题。
　　首先，农民合作社可持续发展问题有其技术性的一面。换言之，作为一种特殊企业形式，农民合作社可持续发展首先意味着必须在市场竞争环境中获得生存和发展，不断地随着市场竞争环境的变化而调整组织战略、营运模式和竞争手段。这在当前农产品供应链管理格局和趋势中显得格外突出。正如我们在以前评论中指出的那样，市场环境变化迫使合作社必须越来越转向关注市场和合作社整体发展，越来越参与和融入供应链，越来越参与构建具有新的合理性的内外部利益协调机制，必须在战略、组织和业务等诸方面进行运营优化。简要地说，就农民合作社而言，要注重适度规模经营，注重生产技术服务，注重农产品品质提升，注重农产品市场营销（特别是品牌建设），注重开展农产品加工，注重农产品品种优化，注重合作社之间的联合与合作等。当然，这些实际上属于企业经营管理学范畴，与一般企业的可持续发展问题并无差异。
　　同时，农民合作社可持续发展问题还有其制度性的一面。合作社既有企业属性，又有社会属性；也正是后者，使得农民合作社可持续发展问题具有了与一般企业差异显著的特点。简明地说，农民合作社可持续发展应该是以服务成员为宗旨，以民主控制为核心，以成员参与为基础，以共同富裕为愿景的；而不是服务少数几个人，少数几个人说了算，与普通成员基本上只是市场交易关系，越来越扩大收入差距的。毋庸讳言，当下许多农民合作社都或多或少地存在着这样那样不合意处，有些在技术性上经营良好的却在制度性上问题多多，甚至还有一些无论在制度性或是技术性上都难言可持续发展。这大概也正是社会各界对合作社发展议论纷纷的原因吧。
　　此外，农民合作社可持续发展既是一个合作社自身不断试错、变革和演进的自然过程，也是一个合作社外部环境不断引导、推进和帮扶的诱致过程。对此，无论是政府有关部门，还是学界、媒体、企业以及关心合作社发展的社会各界人士，一要有开放的心态，不要太着急，不要太纠结，要从总体上看到中国合作社发展的进步性、特殊性和阶段性，相信农民群众的聪明才智和创造性，乐见各类具有中国特色或尚在演进的合作社创新实践；二要本着善良的态度，进行建设性的社会批评和外部监督，防止出现损害农民成员权益的合作社“异化”现象，防止出现不良寻租或不当扶持等行为；三要有切实的行动，帮助农民合作社可持续发展，这里包括：落实“三个允许”，即“允许财政项目资金直接投向符合条件的合作社，允许财政补助形成的资产转交合作社持有和管护，允许合作社开展信用合作”；扶持合作社发展规模化、专业化、现代化经营，切实提高引领带动能力和市场竞争能力；鼓励农民兴办专业合作和股份合作等多元化、多类型合作社，探索适合国情农情的合作经济新形式；加大对合作社成员与农民的培训力度，提高农业经营主体的素质和能力；创新财政扶持方式方法，使财政扶持资金切实体现引导性、瞄准性和功能性等。