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近年来,我国不断推动公共卫生应急指挥系统改革,强化了集中统一领导体制和跨部门协调联动机制,在实践中表现出动态调适的运作特征,显示出独特的制度优势与响应绩效。尽管如此,"新冠疫情"的巨大冲击引发了新的挑战,现实应急指挥系统主要表现为权力集中与功能模糊的隐性冲突、指挥平台衔接与行为异化、信息壁垒与风险沟通阻滞、基层执行能力不足等困境。由此形成的综合效应反映出应急体系的深层矛盾,也是中国公共卫生应急指挥体制需要优化的重要方面。中国公共卫生应急指挥系统需要彰显既有的制度优势,以实践中存在的问题为导向,以政府治理能力的提升为根本,通过加强自身改革实现更高水平的效能转化。这是公共卫生应急治理现代化和领导指挥体制跃升的必然进路。