近年来,随着我国各地区创新能力的普遍提高,区域之间创新能力的差别也越来越明显,以发明专利量衡量的创新产出在空间上呈现日趋集聚的现象。本文基于区域创新系统的分析框架,根据我国各省、直辖市、自治区1998～2005年的创新活动数据,以职务发明专利申请量和授权量作为创新产出的指标,实证分析影响我国区域创新能力差异的效率因素,并解释导致这种差异和区域集聚的制度原因。研究发现,导致我国区域创新能力差异日益扩大的原因主要在于不同地区之间创新效率差异的扩大,而影响创新效率的因素包括区域创新主体的构成、政府的支持以及与工业结构有关的创新环境。由于企业的创新能力存在区域集聚趋势,随着各地区研发投入模式向以工业企业为主体转变,区域的总体创新能力在空间分布上亦日趋集中。因此,创新主体的构成变化和企业创新能力的地区差异是导致我国区域创新系统整体绩效的集聚趋势加剧的根本原因。