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巴音郭楞蒙古自治州动物卫生监督所（同时挂巴音郭楞蒙古自治州防治重大动物疫病指挥部办公室牌子）是在自治州动物防疫体系建设及兽医体制改革过程中新组建的一个专业执法单位，成立于2007年4月。依法实施动物防疫、生物制品管理、动物产品安全、动物和动物产品流通领域的防疫、检疫执法监督以及兽药饲料监管等行政执法职能。该所建制相当于副县级。为全额拨款事业单位，内设办公室、防疫监督科、检疫监督科、市场督查科、兽药饲料监督管理科五个职能科室。核定事业编制36名，实有职工35人。