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蛋白质组学研究包括两种相互补充的策略。一种策略是表达蛋白质组学，观察某种细胞或组织中蛋白质的整体表达，并分析不同情况下表达图谱的变化；另一种策略是细胞图谱蛋白质组学，旨在定义蛋白质间的相互作用，以建立细胞内信号转导通路的复杂网络图。表达蛋白质组学是现今使用的最为广泛的蛋白质组研究模式。肿瘤是一种涉及到多分子事件的疾病，多数肿瘤目前缺乏有效的特异性诊断。蛋白质组学为肿瘤的研究提供了新的平台，可以实现同时大规模地对细胞内的蛋白质表达进行定性、定量分析，从整体的水平了解细胞内信号转导通路，从而有希望发现控制肿瘤