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货运发票上所列出的运输费用可以按7％计算增值税进项税额的做法在我国已经实行了很长时间，而随着现代物流业的发展，众多物流企业在经营中发生的代垫代付款项（包括运输费用）也可以作为缴纳营业税时的扣除项目。解决物流业中存在的问题应做好以下几点：推动增值税转型；规范现行营业税发票开票系统；加强营业税发票管理。