甲基苯并唑衍生物与HIV-1逆转录酶相互作用的分子模拟研究

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对HIV-1逆转录酶(RT)与二氟甲基苯并唑甲基嘧啶硫醚(DFMMT)及甲基苯并唑甲基嘧啶硫醚(MMT)两个甲基苯并唑衍生物的复合物进行了分子动力学模拟,从分子整体、结合模式优化和水分子作用3个角度详细分析了甲基苯并唑衍生物与HIV—lRT相互识别的机制。结果表明,DFMMT和MMT在RT中的结合位点几乎一致:但DFMMT与RT的叮T一叮T堆积作用更强。另外,RT的DFMMT结合口袋中有3个稳定的水分子存在.而MMT结合则没有水分子参与。3个水分子的协同使得DFMMT与RT的相互作用强于MMT.这可能是双
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