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近交衰退产生的原因是近交增加了有害等位基因纯合几率，导致个体适应能力下降。种群变小是导致近交衰退的主要原因，但在实际研究中发现近交衰退并非一定明显表现出来，这可能有以下几个主要的原因：遗传负荷的淘汰、在较好的环境下近交衰退会表现不明显、并非能在所有性状中检测到近交衰退、近交衰退只出现在某些发育阶段和不同家系、种群、个体中的近交衰退程度不同。这提示我们近交衰退与生态及遗传密切相关。