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余姚出入境检验检疫局是在1999年为适应我国入世需要而进行商检、卫检、动植检“三检合一”的改革中，在原余姚商检局基础上组建的。建局以来，坚持以人为本，以建设服务型政府机关为目标，忠实履行“忠于职守、勇于负责、严格把关、保国安民”的工作职责，为服务地方外向型经济又好又快发展的需要，努力改革创新，简化内部工作流程，先后实施出口企业分类管理、建立快速核放系统、绿色通道和改革检验监管模式。