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目的:通过对肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库内胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adrenocarcinoma,PDAC)相关数据的研究,从全基因组水平发现影响PDAC预后的甲基化位点及基因.方法:从TCGA网站下载2016年1月28日更新版本的有关PDAC的临床数据、甲基化数据(基于Illumina Methylation 450芯片)及转录组数据(基于Illumina Hiseq测序).纳入兼具预后数据和甲基化数据的患者179例,应用Cox比例风险模型分析每个位点甲基化水平与PDAC患者总体生存率的关系.进一步纳入兼有甲基化数据及转录组数据的患者173例,分析甲基化水平与对应mRNA表达水平的关系.最后分析mRNA表达水平与PDAC患者总体生存率的关系.结果:用于甲基化预后分析的179例患者年龄为(64.64±10.96)岁,用于相关性分析和mRNA预后分析的173例患者年龄为(64.46±10.91)岁,两者中位生存时间均为20.1个月.本研究发现的与PDAC预后关系最显著的前20个甲基化位点中,11个位点的高甲基化水平为PDAC预后的危险因素,9个为保护因素.位于ZNF438基因5'UTR区的cg01656216探针靶向的位点与PDAC预后相关最显著(HR=0.37,95％CI:0.24～0.56,P=4.1 l×10-6).进一步发现8个位点甲基化水平与相应mRNA表达水平呈负相关(r＜-0.3,P＜0.05),其中PKP3(cg20268054)和EFNB2(cg22179913)的mRNA表达水平还与预后有关(HR=1.66,95％CI:1.06～2.61,P=0.027;HR=1.86,95％CI: 1.21～2.88,P=0.005).结论:通过对TCGA数据库PDAC样本的分析发现,PKP3和EFNB2基因的甲基化水平与PDAC预后相关,可进一步发掘其作为PDAC预后相关生物标志物的潜能.