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使用RepeatMasker软件在栉孔扇贝的6935条ESTs中发现了42条微卫星序列.选取其中的7个序列,根据微卫星位点的旁侧序列设计引物,并对设计出的引物在中国、日本、韩国野生群体中进行多态性检测,发现有6对引物能产生扩增产物,其中有3对引物可望在以后的群体分析及连锁图谱的构建中加以应用.该结果初步证实了在栉孔扇贝的ESTs序列中存在微卫星位点,从而为扇贝生物中微卫星标记的筛选开辟了新的途径.