将跨越500年的微生物实验

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  遗忘的培养皿
  2003年的一个晚上,在英国剑桥镇的一个国家实验室里,研究员查尔斯·科克尔把一个新的培养皿放在他面前的实验台上,打开圆形盖子并向里面黄褐色的琼脂(细菌的培养媒体)上注射细菌试液,然后用记号笔在盖子上记下细菌的名字(拟色球藻)、日期和他姓名的首字母,并盖上盖子并密封。
  接下来,科克尔应该把这个样本放置在高强度辐射之下,通过记录细菌活着和死亡的数量,来评估细菌在高辐射下的耐受性。但经历过漫长的劳作后,他将培养皿遗忘在了一个错误的地方。没过几天,里面的琼脂就自然地发生了干裂。
  这个培养皿一下子就被遗忘了10年。
  2013年,科克尔转任英国爱丁堡大学的天体生物学教授。当他开始在原来的实验室收拾物品时,在某个抽屉里发现了这个被遗忘已久的培养皿。于是,他头脑里冒出了一个任何生物学家都会问的问题:里面的细菌存活下来了吗?
  经过几个月的再次培养之后,科克尔发现被遗忘的培养皿里长出了一些绿色的小斑点——他的拟色球藻的确存活了下来。但在十年没有水的环境中,它们是怎么存活下来的呢?
  微生物会休眠
  拟色球藻是一种蓝菌,可以通过光合作用获取能量。在野外,它主要生活在以色列内盖夫沙漠里的岩石中。那里基本上是艳阳高照,终年少雨,每年有水的日子还不到50个小时。不过,通过进化,拟色球藻已经掌握了在极端缺水的条件下生存下来的技能。拟色球藻会进行脱水,并同时用很厚的外壳把自己密封起来,之后进入休眠状态,这样它们就会挺过漫长的干旱。当周围环境的改善时,它们就会重新复苏过来。
  事实上,自从我们知道有微生物的存在,就知道微生物会休眠。17世纪70年代,荷兰生物学家安东尼·凡·列文虎克借助于自己制造的显微镜,首先观察到了微生物。之后,他还收集了一些干燥的微生物,并加了一些水,然后用显微镜观察。他观察到“微生物开始伸展它们的身体,在半个小时之内至少有100多个开始在玻璃上游来游去。”列文虎克所发现的,是轮虫从休眠到复苏的过程。轮虫是一种很小的车轮形动物,可以在许多淡水环境中找到它们。不过当环境变得恶劣时,它们就会脱水为一个椭球,进入休眠状态。
  列文虎克继续着他的研究,直到他去世为止。不过,同时代的生物学家很少对微生物感兴趣,微生物学的研究陷入了自己特殊的休眠状态。在被忽视了几十年后,一批生物学家从对使小麦枯萎的线虫的研究开始,重新燃起了研究微生物的热情。
  节电模式或关机
  在接下来的几年里,生物学家发现各种各样的微生物,例如细菌、缓步动物(水熊虫)、卤虫和酵母菌等等,都具有休眠能力。大多数微生物采用的休眠方式就是使自己脱水,然后进入休眠,以此对抗恶劣的环境。
  水是生命的必需品,这些微生物没有水是怎么存活下来呢?“水替代假说”认为,它们会把细胞内的水替换为蔗糖、海藻糖等液体。结果是细胞内变为类似玻璃那样,这不仅能保护细胞的结构,而且还会减少不必要的化学反应,降低新陈代谢速率。它们就像一些手机在快没电时进入节电模式一样,等待条件改善。
  这似乎也是拟色球藻的把戏。但是还有一些细菌不具有节电模式,它们不得不完全关机,也就是说完全关掉新陈代谢。不过,它们会在体内形成一种耐受性极强的芽孢——一种包裹DNA等重要分子的多层的茧。换句话说,它们把DNA等重要分子装进多层的堡垒里,门是锁着的,唯一的钥匙是环境的改善。
  随着研究的进行,休眠的微生物已经被用来进行各种各样的极端实验。它们被放在高辐射、高压、冰冷或炽热的环境中,有的还被发射到太空中。但是,我们却从来没有实时地观察它们是怎么休眠的,因为微生物的休眠可以跨越几百年、几千年,甚至几百万年。我们知道的只是记载微生物休眠故事的最后一章,而前面的章节却是缺失的。
  科克尔意外地促成了一个10年微生物实验之后,他决定把这个意外实验拓展为一个世界上最长的微生物学实验,将历经500年,来寻找生物休眠故事中缺失的章节。
  500年的实验
  从2014年7月1日开始,到2514年6月30日为止,科克尔的“500年实验”将监测微生物在5个世纪里的休眠状况,为现在和未来的科学家提供一个了解微生物休眠的独特机会。
  实验设备很简单,总共就两个木盒子。一个盒子放在爱丁堡,另一个盒子放在伦敦自然历史博物馆。每个盒子有400个小玻璃瓶,分为两列放置。一半的玻璃瓶装的是拟色球藻,另一半装的是已生出芽胞的枯草芽胞杆菌(第一个被发现能产生芽孢的细菌,是科学家常用的实验样品)。每个玻璃瓶都是无水环境,而且为了能保持干燥,里面都装有一粒硅胶球(一种干燥剂)。每个盒子的上层,都有一层很薄的铅,用来降低部分背景辐射带来的影响。
  别看这个实验要经历500年,其实不需要花费太多精力的。只需把盒子放在实验室即可,每隔一段时间,研究人员需要做一次检测,移除里面的一些样品,并对移除的样品里的细菌生存情况进行分析和比较。目前的计划是,前24年是每隔2年检测一次,之后则是每25年检测一次。这样,一代又一代的科学家可以跨越几个世纪的时间,来监测细菌的休眠状态。
  破解微生物休眠难题
  这个实验将会解决许多关于微生物休眠的难题。例如,在休眠期间,同一种类的微生物的死亡速度都是相同的吗?还是少数的能活得很长?或者,大部分微生物都会活到某一个时刻,之后就会发生大量死亡?
  另外,我们知道,DNA会在内部的或外部的因素影响下会发生变异或损坏,而正常的细胞都具有修复DNA的能力。但是,微生物脱水休眠后,细胞的活动都处于低能状态,虽然损坏的DNA可以得到修复,但速度缓慢。至于生成芽孢的细菌,基本上就没有任何新陈代谢活动,芽孢内的DNA只能在再次有水的情况进行修复,但芽孢有很厚的多层外壳,能抵挡住外界许多影响。
  那么这两种方式哪个更好?保持一定的新陈代谢,还是躲在铜墙铁壁后完全不活动?也许,这个500年实验能回答这个问题。
  美国密歇根州立大学的布莱恩·韦德知道了这个500年实验后,决定也参与进来。他想知道休眠如何影响微生物的进化和适应能力的。他计划让每一批复苏的细菌与正常的细菌在同一培养皿中竞争,计算幸存者,就可以知道休眠是否会影响微生物适应压力(竞争对手带来的压力)的能力。
  在未来的几个世纪里,科克尔的实验应该能够回答上面的问题。最后还有一个问题:对微生物休眠的深入了解,是否有助于我们搞清楚如何让人进入长期休眠呢?时间将会告诉我们答案。
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