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本文从科研经费绩效适当性、科研经费绩效经济性指标、科研经费绩效效率性指标、科研经费绩效效果性指标等四个方面构建了财会类科研经费绩效审计评价指标体系。随后,在该体系基础上对全国10所高校的科研经费绩效进行了评价。结果发现,东部四所高校的科研经费使用绩效普遍高于中部与西部地区,且四个分指标也高于中部与西部,而中部和西部高校财会科研经费绩效审计指数值差别不大。