笼养是鸭(Anas platyrhynchos)生产方式发展趋势,为分析养殖方式对屠宰性能和鸭肠道菌群的影响,本研究测定不同养殖方式下鸭群屠宰性能,并采用16S rRNA扩增子测序技术分析平养和笼养模式下不同性别鸭粪便菌群.地面平养和笼养条件下高邮鸭共40只,公母各半,300日龄测定受试鸭屠宰性能,采集新鲜粪便,提取细菌总DNA,测序后用QIIME 1.9.1和R软件分析菌群结构.结果表明:1)高邮鸭屠宰性能较高.2)笼养模式下公鸭组粪便菌群丰度和多样性高于母鸭组,但在平养模式下,母鸭组粪便菌群丰度和多样性高于公鸭组;菌群相对丰度分析表明,高邮鸭粪便菌群中绝对优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes);绝对优势菌属为拟杆菌属(Bacteroides)、Romboutsia.优势菌门、菌属在不同养殖方式和性别组别中的相对丰度值有差异,差异不显著.优势菌种为Clostridiales bacterium等,平均相对丰度大于1％,其中50％为拟杆菌种.3)笼养公鸭组拟杆菌(Bacteroides caecigallinarum)与其他各组相比,差异显著;相关性分析表明其相对丰度与鸭胸肌率显著相关.综上所述,鸭饲养方式和性别影响粪便菌群,养殖方式对不同性别鸭肠道菌群的影响不同,笼养公鸭粪便菌群丰度和多样性较高;拟杆菌菌株在鸭肠道菌群中可能有重要作用.本研究结果表明鸭肠道菌群受多个因素影响,调控肠道菌群可以提高鸭的生产性能.