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以来自感染儿童贾第虫包囊感染长爪沙鼠的结果表明,5个包囊即可使12.5％的沙鼠受染。感染率随灌注包囊量增加而升高。10~4个包囊时,感染率可达100％。多数受染沙鼠呈间歇性排包囊。小肠中滋养体数及分布与病程有关,与粪便排虫量无对应关系。贾第虫不侵袭肠组织,但能引也小肠典型炎症改变,如绒毛上皮坏死脱落、肠腺细胞分裂相增加和绒毛长度/腺体长度比值下降。