为绿肥与烟草套作栽培模式的应用提供理论依据，以Biolog技术研究了套作绿肥对植烟土壤微生物群落功能多样性的影响。结果表明：团棵期和成熟期表征土壤微生物碳代谢活性的平均颜色变化率（AWCD）均为套作草木犀>套作黑麦草>对照，说明套作绿肥对土壤微生物利用碳源的能力影响显著。土壤微生物均匀度指数、Simpson指数和优势度指数均为套作草木犀>套作黑麦草>对照，且套作草木犀的土壤微生物均匀度指数、Simpson指数和优势度指数均为最大值，说明套作绿肥影响了植烟土壤的微生物群落结构，提高了植烟土壤微生物群落多样性。不同碳源的代谢强度分析说明不同绿肥及不同生长时期土壤微生物对氨基酸类、羧酸类和糖类的利用程度明显高于氨/胺类、其他化合物类和聚合物类碳源。主成分分析表明，套作绿肥及不同生长期植烟土壤的微生物群落功能多样性具有明显的差异，糖类、其他化合物类和羧酸类对微生物碳代谢差异起主要作用。套作绿肥增强了土壤微生物对碳源的利用能力，提高了植烟土壤的微生物群落结构和群落功能多样性，并且套作草木犀的效果更为明显。