探讨曾推动中国经济高速增长的土地资源配置方式能否继续支撑城市创新,对中国的高质量发展意义重大。本文从城市主要创新要素切入,讨论并验证了中国土地资源配置方式在经济发展不同阶段对城市创新的影响机制;在此基础上,以2006—2016年中国268个城市54个行业数据为样本,检验并比较了其对东部、中西部城市及对48个制造业行业的创新影响差异。结果显示,在当前发展阶段,中国大规模出让工业用地、不饱和供给商住用地的土地资源配置方式对城市创新的综合影响为负,并且其对经济发达的东部城市和对高技术行业的创新抑制作用更明显。本文认为,当前土地资源配置方式对后发城市积累工业基础和创新资金尚有帮助,这会部分抵消对其他方面的负面影响;但经济发达城市的工业基础已经形成,融资渠道也相对丰富,上述正向帮助甚微。此外,高技术行业的创新需要更多资金和人才,当前土地资源配置方式所导致的创新资金跨行业逐利和人力资本挤出对其负面影响更大。本研究为相关部门因时因地制宜地制定决策方案提供了理论启示。