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利用生物信息学相关方法对NCBI数据库中39277条亚洲棉（Gossypium arboretumL．）及63588条雷蒙德氏棉（Gossypium raimondii L．）的EST序列共计64．08Mb（约相当于基因组的6．02％）分别进行拼接，比较分析了两棉种简单重复序列的重复类型及丰度差异。结果表明：拼接后的一致性序列中，亚洲棉比雷蒙德氏棉存在较高比例的单条序列簇；亚洲棉一至六碱基6种重复类型的SSR间隔距离分别比雷蒙德氏棉的大；亚洲棉中二到六碱基等5种重复类型的比例高于雷蒙德氏棉，但单碱基重复类