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战后的50余年,东京大学曾进行过两次具有划时代意义的研究生教育改革:第一次是1953-1963年间实行的跨学科学位点设置实践,此举在世界高教史上具有前瞻性,为日本在20世纪七八十年代对《研究生院设置基准》的修订和创设新型研究生院奠定了实践基础;第二次始于1991年的研究科"部局化"、研究生院"重点化"和设置世界领先水平的博士学位授权点,并首创"专业学位"研究生教育制度。此次改革激发了大学组织的活力、提升了学科建设水平,使得其他大学竞相追随,在日本大学的跨世纪改革中发挥着旗舰作用。