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简单介绍了FAIMS检测仪的原理及其硬件平台,分析了NI公司的组态软件LabVIEW和当前主流的GUI嵌入式操作系统WinCE。结合可支持WinCE开发的LabVIEW PDA Module,提出了一种基于WinCE的嵌入式FAIMS样机控制系统的实现方案,详细介绍了每一部分的构成与作用,最后给出了系统的测试结果。测试表明,该系统工作性能稳定。