1940年昆明的中研院史语所大师如林，但助理员胡福林的不辞而别却引发轩然大波。傅斯年认为胡把自己当猴耍了，对胡氏以及齐鲁大学连同顾颉刚、钱穆等人骂将起来，同时立即修书一封对已迁往成都的齐鲁大学展开笔伐。
　　其书云：
　　本所职员胡福林君请假离所一日后，本所即得到若干口头报告，谓，贵校之国学研究所一年前即已聘定正在本所任职之胡福林君为教授，资以薪给。其本年之职务则为：（一）在云南为贵校购买书籍。（二）在本所抄录影拓一切本所正在研究尚未出版之材料，以备将来贵校国学研究所之用等语。事涉离奇，殊难置信……据负责人报告，近一年来，该员将本所所藏重要史料誊录甚多。本所之正式工作（资料），该员亦全数携走，其目的为何？实难揣测……
　　钱穆是1930年秋离开苏州至北平的，时年36岁。他先是随顾颉刚在燕京大学任教，后由顾氏推荐执教于北京大学。由于个人阅历、学术观点以及性格等差异，钱穆与傅斯年、胡适等人不睦。
　　在钱穆看来，当时的史学界有两大派，一是“革新派”，一是“科学派”。他对“科学派”所谓“以科学方法整理国故”的代表人物胡适、傅斯年辈颇不以为然。在钱穆眼里，这一学派并无什么价值，无非是“震于‘科学方法’之美名，往往割裂史实，为局部窄狭之追究。以活的人事，换为死的材料”而已。这一评语的矛头看起来是胡、傅同指，而更多的是指向傅斯年，因为胡适尚有一部《中国哲学史大纲》上卷问世。而傅斯年则一直反对“著史”，以专题研究为重，又崇尚实证、客观之史学，此点与钱穆心中的史学观相抵牾。由于学术见解不同，终致个人关系恶化。
　　到了40年代，非但傅斯年宣称他从来不读钱穆的书，钱穆对傅也已表露出无任何好感可言，二人积怨渐深，毕生都未能化解。
　　据一位知情者回忆，钱穆尝谓傅斯年霸气十足，是水泊梁山忠义堂山大王一类人物，而傅斯年则骂钱穆根底浮浅，不足为谋。当钱穆的《中国史纲》在抗战期间出版时，一位叫张晓峰的朋友在重庆见到了傅斯年，询问对此书的看法。傅斯年对此嗤之以鼻：“我从来不读钱某人的书文一个字。钱某人屡谈西方欧美学术如何如何，那些知识其实都是从《东方杂志》转抄而来的，没有什么自己的发明创造。”
　　从钱穆晚年的回忆看，他在北大和西南联大时，交往最为紧密的是汤用彤、蒙文通和熊十力辈。这些人都不是“新文化运动”中的人。唯有例外的是顾颉刚，钱穆对顾一直抱有知遇之恩， 他之所以离开西南联大赴成都协助顾，与顾颉刚的邀约有关，但也与那时校园的激进空气有联系。
　　正是由于各方面错综复杂的关系，钱穆接受了顾颉刚建议，辞去西南联大教职，于1939年9月与顾氏一起离开昆明，赴四川成都齐鲁大学任职去了。而这个时候，中研院史语所几乎没有人知道，顾颉刚已秘密和胡福林暗中建立了联系，并拉胡氏一同入伙齐大。
　　胡福林出走的插曲给史语所学术研究上带来的后果是，流亡西南后进行的一项重要工作---《殷墟文字甲编》的编辑，因担任文字考释工作的胡福林突然出走，至1948年此书在南京出版时，成为一部只有图版而无释文的残缺之作。
　　许多年之后的1960年，辗转来到台湾的钱穆，欲参加台北“中央研究院”新一届院士的评选。据李敖说：身为“中央研究院”院长的胡适曾拿自己的钱搜集钱氏的著作，而且提名其竞选院士。“可是人文组开审查会议时，李济负责审查，他说钱穆反对胡适，我们不能提名他竞选院士，胡适当时解释说：‘我们今天选举院士，是根据他的学术著作，不应该扯到个人恩怨上去。’结果李济又用钱穆没有正式大学毕业的资格提出否决，因此钱穆不得提名。”
　　这段说辞是否属实尚待考证，但有一点是可以肯定的，自从钱穆跟随顾颉刚跑到成都另立山头之后，李济对其没有好感甚到产生恶感则是没有什么疑议的。