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目的：建立并优化当归简单重复序列区间（ISSR）-聚合酶链反应（PCR）体系并对6个当归品种（系）的遗传关系进行研究。方法：以ISSR-PCR扩增结果为指标,Mg2＋浓度、TaqDNA聚合酶活性、dNTPs浓度、引物浓度、DNA模板用量为5因素,通过正交、单因素试验优化ISSR-PCR体系。应用优化体系对6个不同品种（系）的当归样本进行遗传关系分析。结果：当归ISSR-PCR最佳反应体系为在20μl反应体系中含Mg2＋（10×PCR Buffer）1.5 mmol/L、TaqDNA聚合酶0.6