【摘 要】
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目的:应用生物信息学方法预测和分析新型冠状病毒(SARS-CoV-2)包膜蛋白(E蛋白)的结构及免疫优势表位.方法:从NCBI GenBank数据库中检索SARS-CoV-2 E蛋白的氨基酸序列,通过Exp
【机 构】
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温州医科大学 分子病毒与免疫研究所 病原生物与免疫学系,浙江 温州 325035
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目的:应用生物信息学方法预测和分析新型冠状病毒(SARS-CoV-2)包膜蛋白(E蛋白)的结构及免疫优势表位.方法:从NCBI GenBank数据库中检索SARS-CoV-2 E蛋白的氨基酸序列,通过ExpasSy服务器上的软件分析预测其理化性质、二级结构、跨膜区域;并结合其亲水性、表面可及性、极性、抗原性和柔韧性等综合分析,预测其可能的B细胞表位;利用Net CTL1.2 server预测CTL表位;通过Vector NTI对冠状病毒属E蛋白进行同源性分析;同时应用Swiss Model对E蛋白进行三维结构同源建模及功能结构域预测分析.结果:SARS-CoV-2 E蛋白由75个氨基酸残基组成,为跨膜蛋白,跨膜区域以α螺旋为主;E蛋白可能含有2个B细胞表位和6个CTL表位,其免疫优势表位区域分别位于其N端16-34aa和C端50-70aa区段;SARS-CoV-2与SARS-CoV和Bat-SARS-like-CoV E蛋白的免疫优势表位存在极高的同源性;其疏水性跨膜结构和PDZ结合基序分别位于N端12-34aa和C端72-75aa区段.结论:E蛋白为跨膜蛋白,其氨基酸序列的16-34和50-70区段可能为免疫优势表位.
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