【摘 要】
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基于高通量测序技术获得安徽岳西产野生茅苍术Atractylodes lancea叶绿体全基因组序列,进行叶绿体全基因组结构及特征分析,为研究茅苍术的物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护奠定了基础。使用改良的CTAB方法提取茅苍术的DNA;采用高通量测序技术进行测序,利用metaSPAdes进行组装,利用CPGAVAS2进行注释;利用生物信息学方法对茅苍术叶绿体基因组进行重复单元分析、IR边界分析、密
【基金项目】
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国家重点研发计划项目(2019YFC1711505); 国家自然科学基金项目(82073957); 安徽中医药大学药学院研究生培养基金项目(21pyjj03);
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基于高通量测序技术获得安徽岳西产野生茅苍术Atractylodes lancea叶绿体全基因组序列,进行叶绿体全基因组结构及特征分析,为研究茅苍术的物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护奠定了基础。使用改良的CTAB方法提取茅苍术的DNA;采用高通量测序技术进行测序,利用metaSPAdes进行组装,利用CPGAVAS2进行注释;利用生物信息学方法对茅苍术叶绿体基因组进行重复单元分析、IR边界分析、密码子偏性分析和系统发育树分析。获得茅苍术叶绿体全基因组的全长为153 178 bp,包含1个84 226 bp的大单拷贝区(large single copy, LSC)和1个18 658 bp的小单拷贝区(small single copy, SSC),它们被2个25 147 bp的反向重复序列(inverted repeat sequence, IRs)隔开。茅苍术叶绿体基因组的GC量为37.7%,可编码注释124个基因,包含87个蛋白质编码基因、29个tRNA基因和8个rRNA基因。其具有26 287个密码子,可编码20种氨基酸。系统进化分析表明,苍术属的植物聚为一个分支结构,其中茅苍术与朝鲜苍术的亲缘关系较近。该研究建立了适宜茅苍术叶绿体基因组的测序方法,丰富了菊科植物的遗传资源,为茅苍术的物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护提供了理论参考。
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