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IS6110通常作为结核分支杆菌的分子流行病学和诊断研究的基础,然而,不含IS6110的菌株已有报道。如果这种菌株常见,将使结核分支杆菌的分子研究受到限制。对来自旧金山的一个人群样本的1569份标本进行指纹分析显示:不含IS6110的菌株的比例低于1％,由于这种比例低,在旧金山可以进行IS6110指纹分析,而在其它地方可能存在问题。