【摘 要】
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目的 利用生物信息学分析神经母细胞瘤差异miRNA,并分析其生物学功能、相关信号通路.方法 通过GEO数据库获取神经母细胞瘤miRNA芯片GSE121513,获得95个神经母细胞瘤样本和正常胎儿肾上腺神经母细胞样本数据,筛选差异miRNA.对|logFC|≥4的差异miRNA进行靶基因预测,并行KEGG和GO分析,构建蛋白互作网络,筛选核心靶基因.结果 共筛选得到91个差异miRNA(P<0.05,|logFC|≥1),其中上调52个,下调39个.对差异miRNA(P<0.05,|logFC|≥4)进行靶
【机 构】
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519090 广东珠海,遵义医科大学珠海校区;518026 广东深圳,深圳市儿童医院普外科;515041 广东汕头,汕头大学医学院;519090 广东珠海,遵义医科大学珠海校区;518026 广东深圳
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目的 利用生物信息学分析神经母细胞瘤差异miRNA,并分析其生物学功能、相关信号通路.方法 通过GEO数据库获取神经母细胞瘤miRNA芯片GSE121513,获得95个神经母细胞瘤样本和正常胎儿肾上腺神经母细胞样本数据,筛选差异miRNA.对|logFC|≥4的差异miRNA进行靶基因预测,并行KEGG和GO分析,构建蛋白互作网络,筛选核心靶基因.结果 共筛选得到91个差异miRNA(P<0.05,|logFC|≥1),其中上调52个,下调39个.对差异miRNA(P<0.05,|logFC|≥4)进行靶基因预测,得到602个靶基因,功能分析发现其主要位于蛋白细胞外基质区域,有细胞质翻译的负调控、mRNA 3\'-UTR结合、与核酸结合抑制翻译因子活性,主要参与RNA降解、黏着斑通路、PI3K-Akt信号通路.蛋白互作网络筛选得到10个关键靶基因:IL6、IL10、COL3A1、COL1A2、CD44、CCND1、VCAN、THBS1、DICER1、HNRNPC.结论 筛选出与神经母细胞瘤发生、发展相关的差异miRNA,并进一步得到10个关键靶向基因,为研究神经母细胞瘤的发病机制、分化转移机制等提供新的思路及理论依据.
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