全球甲型流感病毒H5A1序列的分子进化研究

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目的应用生物信息学数据库和工具,对现有的H5亚型甲型流感病毒全球分离株的H5A1抗原序列进化规律进行研究。方法下载NCBI Genbank和美国洛斯阿莫斯国家实验室流感病毒数据库中全部的甲型流感病毒H5A1序列,采用快速极大似然法绘制进化树,并用SRDT模型估计各分枝的进化速度与出现时间。结果H5A1序列的进化树可被分为两个各自独立进化的世系;美洲世系和欧/亚世系,它们在地域分布、序列位点等方面区别明显,且可被进一步细分为几大进化枝,野生禽类分枝和家禽株系分枝的进化速度存在明显差异,所有的人及其它哺乳动物
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