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规模化基因表达实验所产生的大量与生物组织特定时空状态相关的cDNA和表达序列标签（EST）等信息可用于新基因的发现、基因表达模式分析和基因组的注释，从而可为转录组研究提供实验设计和结果分析的参考标准。真核基因可变剪接的普遍性及其在机体生理与病理过程中的重要作用，使得可变剪接的系统分析已成为功能基因组研究中的热点之一。在面临海量表达数据的指数增长和不断有新的基因组获得测序的情况下，实现转录组序列分析的规模化、自动化计算迫在眉睫。讨论不同转录组分析系统中的数据分析算法及其计算需求，并提出适用于大规模可变剪接分