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采用计算流体力学方法对多通道流动电泳中的流场分布进行了模拟,显示出焦耳热引起的自然对流导致腔室中出现沿电场方向上的溶液主体流动,由此影响到蛋白质的宏观迁移速率,这与实验现象是一致的.系统地考察了电泳分离过程中的自然对流作用及其影响因素,提出以蛋白质分离率作为参数来表征自然对流对电泳分离的影响.通过计算模拟了设备构型及缓冲溶液特性对分离度的影响.以此为基础确定了沿分离腔室长度进行设备放大的方案并进行了实验验证,理论预期与实验结果一致.