晚明佛教丛林基于严辨老庄道家之学与金丹道教的方法立场,在当时三教同归的合流思想下,主张与老庄道家之学相融并存,而对明末道教主流道派正一道与全真道,则表现出明确的拒斥态度,视之为非主流宗教类型。面对道教指责佛教只修性不修命的批评,晚明佛教丛林基于佛教心性一元论的基本立场,特别针对全真道所主张的性命双修的丹道炼养工夫展开了思想论辩,阐述了佛教“性本论”的性命不二与道教“气本论”的性命二分之间的义理差异,进而辨析佛教明心见性与道教修身炼性之间的工夫论差异,致使晚明全真丹道趋归仙佛合宗同修共证的思想融通。晚明佛道之辨的现实效应,同时也使晚明佛教吸收道教修命传统的《功过格》形式,加以佛教化的改造,通过“唯心立命”,强调佛教心性智慧与因果信仰相结合,一并落归于现实世间的劝善教化,参与共建中国社会的道德秩序,对后世民众的佛教修行产生了重大影响。