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高校与产业集群协同创新是提高我国高等教育质量和产业竞争力的重要手段。从协同学理论来看，高校与产业集群需要通过自愿合作来实现“共赢”，有效的协同需要一定的机制予以保障。当前高校与产业集群的协同创新存在缺乏协同创新动力机制、人才供给机制、政策及法律保障机制、利益分配机制以及政府有效监管机制等问题，影响了高校与产业集群的协同效应。为了加强合作、协同创新，应构建包括政策引导及法律保障机制、风险投资机制、利益分配机制、信息沟通机制、评价机制等在内的协同创新机制架构。