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^18O内标蛋白质质谱定量分析是一种极具前景的比较蛋白组学研究技术，虽然该方法与迄今所有内标法相比有一系列优点，但是由于其质谱是由^18O未标记品种，单及双^18O标记品种分子同位素峰簇相互迭加所构成的复杂谱，定量分析的关键是发展有效的质谱解析算法。有鉴于此，综述和讨论了^18O内标质谱差异比较蛋白质分析过程中，分子同位素簇分布的简化计算方法，以及质谱混和谱解析的数学方法。