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结核病分子流行病学在结核病的控制方面有着良好的应用前景,发达国家已将其列入常规检查,在我国也有很好的应用前景和更大的应用空间.目前的基因分型的主流方法仍然是采用数目可变串联重复序列(VNTR)和间隔区寡核苷酸分型共同应用的模式.间隔区寡核苷酸分型是继IS6110限制性片段长度多态性(RFLP)之后应用于结核分枝杆菌基因分型最广泛的方法之一,目前被作为鉴定北京基因型菌株的标准方法.VNTR方法操作简便、快速,成本低廉,重复性好,便于不同实验室间相互比较；VNTR方法选用的位点在不同国家和地区会有不同,VNTR位点分辨率的高低也需要深入研究.IS6110-RFLP方法虽然已经不再大规模地使用,但是一直作为鉴定其他基因分型方法的正确率和准确度的金标准.随着分子生物学技术的进步,基因分型技术出现新的发展趋势.如长片段多态性(LSP)和单核苷酸多态性(SNP)方法是近几年出现的频率越来越高的分型方法.目前LSP和SNP方法的分辨率虽然不高,但在研究系统发育中确有很好的应用.系统发育学的研究一开始是采用VNTR-15和VNTR-24的方法,后来发现存在不确定性且误差较大,随着对LSP和SNP特性的了解更加全面,认为LSP和SNP是研究系统发育学的最好的方法.随着分子生物学技术的不断进步,结核病分子流行病学的研究将会为结核病的预防和控制提供更多支持和指导。