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中国农业科研体制改革已有30年之久,改革的难度越来越大,亟需寻找新的突破口。日本独立行政法人改革的部分做法和经验值得借鉴。通过梳理日本独立行政法人改革的内涵与特点,提出从加强改革的顶层设计、提高科研机构决策的独立自主性、提高科研资源利用效率、增强机构运行与考核的透明性、实行目标管理和完善考核制度等方面,对中国农业科研体制进行改革。