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通过对祁连莲花山铜矿地质背景、岩石地球化学及含矿特征的分析研究,莲花山铜矿赋存在早奥陶世阴沟群火山岩构造环境为早古生代弧后裂谷拉张环境,其中发育蛇绿岩.矿体呈透镜状夹在两层枕状玄武岩之间,矿石矿物以黄铁矿为主,其次为黄铜矿、方铅矿、闪锌矿等.矿石构造为块状构造、细脉状、浸染状,并伴有大量的绿帘石化.以上特征具有塞浦路斯型块状硫化物铜的特征.早奥陶世阴沟群火山岩在大坂山结合带中分布较为广泛,具有良好的找矿前景.