在《刑法修正案(九)》和《关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》的适用过程中,存在贪污贿赂案件追诉时效期限缩短的情形。在审查起诉期间,检察官存在追诉期限缩短的实体性判断倾向和程序性审查逻辑两种分歧观点。实践中存在对于法律与司法解释之间效力层次的不同理解和两种价值追求难以平衡的困境。在比较和反思各主要法制国家的相关应对原则和方法的基础上,我国应当注重刑事整体法治原则的借鉴,强调追诉时效的程序性审查制度和逻辑。法制程序化理论,奠定了追诉期限程序性审查制度的理论基础。刑事立法的科学化,构成了追诉期限的程序性审查逻辑和制度化的构建前提。检察官客观义务的贯彻实施,是追诉期限程序性审查制度的主体要求。而注重和强化作为应用标准和操作流程的正当程序理念,为追诉期限程序性审查制度的构建和完善提供了技术支持。