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为了探究金沙江中游支流栖息地状况，遴选重点保护修复对象，从河道物理生境参数、流域特征、污染风险参数3个层面选取14个指标，构建栖息地质量评价指标体系，借助ArcGIS、InVEST模型等工具进行指标计算，采用综合评价方法进行栖息地质量评价，并对评价结果进行实地踏查评估。结果显示，金沙江中游流域栖息地质量分层面来看，河道物理特征得分较高，而污染风险参数特征得分较低；栖息地质量综合评价得分范围为0.27～0.82，其中47.3%河流为一般等级，其余河流栖息地质量评价等级处于良好以上。对金沙江流域排名前50条支流进行踏查验证，其结果与体系评价结果排名趋势较为一致，可以支撑河流栖息地评价与重要水生生物栖息地识别。研究建立的评价体系所需数据资料易于获取，方法简单高效，适用于金沙江中游支流栖息地质量状况评价，也可为其他流域栖息地评价提供借鉴和支撑。